Depois de ser derrotado pelos Battletoads, a maligna Dark Queen foge para os confins do universo e os 'Toads e seu mentor continuam com suas vidas. No entanto, um dia os militares da Terra são neutralizados e uma nave gigante chamada Colossus emerge da lua. Aparentemente, a Dark Queen está de volta em outro plano para dominar a galáxia, e ela se aliou aos Shadow Warriors (da série Double Dragon) para complementar suas forças. Decidindo equilibrar as probabilidades, os Battletoads entram em contato com Billy e Jimmy Lee e pedem a ajuda deles. Os irmãos concordam e todos os cinco partem imediatamente para o Colossus em uma missão para impedir essa ameaça dupla.