No futuro, um jovem lutador de rede chamado Lan, inicia seu 'terminal de exploração pessoal' (PET) e se prepara para invadir a rede para combater o crime líquido. O PET da Lan não é um navegador de rede comum. É o Mega Man.EXE, a ciber-identidade, que se infiltra na rede invadida pelo crime para combater vírus de computador destrutivos. Derrote vírus em tempo real e colete dados do programa Battle Chips, contendo dados valiosos sobre armas e informações críticas do sistema. Colete mais de 175 chips de batalha para ajudar Land e Mega Man.EXE a restaurar a paz e a ordem na rede.
