A história começa em uma linha do tempo alternativa onde você e seu rival, Red ou Leaf, se mudam para Hoenn em vez de começar em Kanto. Nesta linha do tempo, como nenhum pirralho atrapalhou os planos da Equipe Rocket, eles dominaram a região de Kanto. Giovanni está se unindo a outras equipes de vilões para expandir seu domínio sobre a região de Hoenn. Pokémon Exceeded é um decomp de Emerald com novos recursos. Sua característica principal é chamada Innate, que atua como uma habilidade de Pokémon, mas o Pokémon pode ter até três Innates. Alguns efeitos interagem com os Inatos, como habilidades do tipo Mold Breaker, Gastro Acid, mas outros não têm efeitos sobre eles, como Neutralizing Gas. E alguns Pokémon desbloqueiam novos Inatos por nível, amizade, evolução ou até mesmo missões!