Depois que Classic Sonic comemora seu aniversário de 20 anos com Modern Sonic e amigos, Classic Sonic e Classic Tails entram em um portal que os leva ao Vazio. Eggmans de ambas as épocas estão presos no Espaço Branco, no entanto, eles acidentalmente tropeçam em uma abertura para o Vazio, vendo Classic Sonic e Tails voando. Os Eggmans disparam suas pistolas a laser pela abertura, na esperança de acertar Sonic e Tails, mas sua tentativa falhou e atinge o Vazio. O Vazio então se torna altamente agravado e instável, o que divide Sonic e Tails e os envia para seu próprio tempo. No entanto, esperando voltar ao seu tempo, Sonic acaba no que parece ser a Zona Verde, mas ele pode ver que algo está errado. A Green Hill Zone se transformou em um local chamado Azure Hills Zone. Devido ao distúrbio no vácuo, o tempo contínuo para Sonic foi completamente distorcido. Sonic pensa que talvez coletar todas as 6 Chaos Emeralds restaurará o Time Continuum, mas ele também percebe que todos esses eventos envolvendo viagens através de gerações e o Time Eater parecem estranhamente conectados de uma maneira diabólica ...
