Bem-vindo às Ilhas Fungus! Bowser desistiu de tentar sequestrar a Princesa Peach (por enquanto), e seu filho, Bowser Jr, está de olho nas Ilhas Fungus. Mario e Luigi, em férias lá, naturalmente, têm que impedir os planos de Bowser Jr. Os irmãos podem impedir a colonização das ilhas?
